牡丹籽油是由油用牡丹籽提取的一种新型木本油脂，集经济价值、生态价值于一体。年3月由原卫生部批准牡丹籽油正式被列为食用植物油。牡丹籽油不仅营养丰富，富含人体必需的脂肪酸成分α-亚麻酸，具有增强免疫力、调节血压、降低胆固醇等作用，而且还富含多种药理活性物质，具有药用价值。年11月，原国家粮食局批准发布《牡丹籽油》(LS/T-)行业标准，该标准的发布，为指导牡丹籽油加工企业选购原料、规范生产和流通发挥了重要作用，促进了油用牡丹的生产，增加了农民收入。
成品牡丹籽油的加工是有清理、剥壳、炒制、压榨、精炼等主要工艺组成。
1、牡丹籽清理：
牡丹籽在收获晾晒、运输、储存的过程中，不免会混入沙石、泥土、茎叶等杂质，这些杂质如果不处理，会影响牡丹籽的出油率，并且对设备造成一定的磨损，因此，在加工初期，会先对原料进行清理。牡丹籽油生产线中，首先会用振动清理筛、去石机等设备对牡丹籽进行清理去石，去除沙石、尘土等杂质，减少这些杂质对设备的磨损，提高出油率。
2、牡丹籽剥壳：
剥壳在于提高出油率，减少油分损失，提高油脂质量和饼粕质量，充分发挥油脂设备的生产能力，减少设备的磨损和维修费用，降低生产用电力消耗，并有利于皮壳的综合利用。
剥壳后的牡丹籽呈自然白色，有利于筛选出因储存不当而发霉的牡丹籽。
清理好的牡丹籽会进入脱壳机进行脱壳处理。脱壳是为了提高牡丹籽的产油率，减少油脂的损耗，提高饼粕的质量，充分发挥制油设备的生产能力，减少设备磨损和维修费用等。脱壳后的牡丹籽呈自然白色，对于牡丹籽发霉原料的筛选十分有利。
3、原料炒制：
剥壳后的牡丹籽送入蒸炒锅进行炒制，蒸炒的目的在于通过温度和水分的作用，使油料细胞受到彻底破坏，蛋白质变性，油脂聚集，油脂粘度和表面张力降低，料胚的弹性和塑性得到调整，可以起到凝聚油脂、调整料结构、改善油脂品质、提高产量等作用，有利于制油工艺的顺利进行。同时，蒸炒效果的好坏直接影响压榨的出油率以及毛油和饼粕的质量。
4、压榨：
炒制后的牡丹籽原料进入榨油机进行油脂提取，压榨工艺是利榨油机利用用机械传导的压力将油料中的油脂挤压出来,从而得到油脂。压榨工艺的优点在于全程不涉及任何化学添加剂，能确保油品安全、卫生、无污染，油脂中的天然营养成分也得到了很大程度的保留。
5、牡丹籽油精炼：
压榨得到的毛油中还含有多种杂质，例如饼粕粉末、磷脂、游离脂肪酸、色素等杂质，需要精炼设备精炼去除方可得到成品牡丹籽油。
牡丹籽油的精炼需要用到精炼油设备，精炼工艺包括毛油脱胶—脱酸—脱水—脱色—脱臭—脱蜡等工序。
脱胶：
是指脱除毛油中以磷脂为主的胶溶性杂质。毛油中胶质主要以磷脂为主，因此脱胶也称为脱磷。磷脂在油中会降低油的品质，并且在后续脱酸工序中使油脂产生乳化作用，增加皂角分离难度，加重中性油损失，因需要尽量去除。
脱酸：
主要是指脱除毛油中的游离脂肪酸，以及油中少量胶质、色素和微量金属等物质。游离脂肪酸会使油脂产生异味促使油脂产生酸败，导致油脂品质下降，是直接影响油脂精炼得油率和品质的重要因素之一。现如今工业生产中使用最广泛的是碱炼脱酸工艺。
脱色：
是利用白土、活性炭等吸附剂，将油脂中的色素以及其他杂质吸附，再将吸附剂与油脂分离，得到符合产品质量标准的牡丹籽油。脱色要达到产品最终要求色泽指标，去除相关色素及数量金属，进一步去除油脂中残存的微量皂角，磷脂等胶质类杂质及某些异味物质，除去多环芳烃和残留农药，降低油质过氧化值。脱色可以为后续脱臭工艺提供更有利的条件。
脱臭：
脱臭的目的在于出去油脂中引起异味的物质，以及易于挥发的其他物质，改善油的气味和色泽，提高油脂的稳定性。油脂特有的气味、脱色中产生的异味，油脂氧化产生的蛤臭味等。在脱臭阶段要将这些不受人喜爱的异味，在真空高温直接喷入蒸汽蒸馏除去。